primer6官方版是用于生物醫學領域的引物射擊工具,通過這款軟件能夠快速的查詢各種基因序列,對于相關領取的科研和學習人員非常好用,軟件使用也十分簡單。
1、軟件安裝完之后,就要開始引物設計了,這就需要知道基因序列。一般用NCBI查找,比如要設計rat的CK18 mRNA檢測引物。首先選擇Nucleotide,然后在搜索欄輸入rat CK18。
2、我們要找mRNA,所以選第:個,點進去后拉到最后的origin就能找到基因序列。
3、把這段序列復制到Primer Premier6進行引物設計。
4、點這里的新建按鈕會出現對話框,將上面那段序列復制進去,點Add。
5、然后點這個搜索,出現下面對話框,這里可以選擇引物在序列哪些地方設計引物,:般不用更改,也就是引物可以設計在整個序列,當然也可以事先查:下序列有幾個區,:般引物會跨兩個區。
6、接下來設置退火溫度、引物長度、產物長度等,點旁邊的“Primer Parameters”。主要更改的也就是產物長度,100到300bp為宜,產物太大,會影響擴增效率。
7、點“Search”后,引物序列就出來啦。
8、光設計出引物還不行,還要進行驗證,也是在NCBI上進行。在最下方找到“Primer:BLAST”將Primer Premier6設計的引物復制進去。
-跨物種:擴增來自多個物種的序列。
-致病性檢測:將寡核苷酸定位在高度保守的區域中。
-僅擴增等位基因特異性的:組相關序列中的單個成員。
-CR引物設計:設計用于PCR和多重實驗的引物對。
-簡并:從氨基酸序列開始,反向翻譯并自動設計低簡并區域的寡核苷酸。
-嵌套/多重檢查多個候選寡核苷酸之間的同源性。
-限制性內切酶和基序分析:從數據庫中選擇800多種酶和200個常見基序。
-ClustalW對齊:執行ClustalW對齊后,使用任何資源(包括EBI)加載對齊序列。
-多序列比對:使用流行的Clustal W算法在桌面上比對序列(僅在Windows版本中可用)。
1、對于那些涉及分子生物學領域的人來說,使用Primer Premier等程序可以使使用PCR引物進行設計和分析變得更加容易。它配備了簡潔的界面,可觸及所有功能,使您可以像計算機一樣快速地執行各種任務。
2、關于系統資源使用的重要說明是必須在此時進行。更準確地說,Primer Premier將對您的PC造成很大的壓力。 Java的全面開發與此息息相關。您應確保有足夠的可用內存,并且在使用該軟件時,其他應用程序不應運行得盡可能多。
3、只要您導入特定的序列文件或打開現有項目,該實用程序就會掃描并顯示主窗口中的所有數據,并根據您選擇的選項在多個選項卡中對其進行結構化。引物屬性,BLAST信息和SNP信息都有相應的選項卡,這些選項卡顯示所有詳細信息。
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